荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization, FISH)是在20世纪80年代末在放射性原位杂交技术的基础上发展起来的一种非放射性的细胞分子标记技术,以荧光标记取代同位素标记而形成的一种新的原位杂交方法。它的基本原理是：使用同源互补的核酸探针经变性-退火-复性形成靶DNA与核酸探针的杂交体。核酸探针的某一种核苷酸标记上报告分子如生物素、地高辛，可利用该报告分子与荧光素标记的特异亲和素之间的免疫化学反应，经荧光检测体系在镜下对待测DNA进行定性、定量或相对定位分析。

1974年Evans首次将染色体显带技术和染色体原位杂交联合应用，提高了定位的准确性。20世纪80年代之后产生了真正意义上的FISH技术。由于FISH技术可以直接检测细胞类型，在现阶段的环境微生物研究中有着广泛的应用前景；例如检测生物膜的组成结构，定量分析某类重要微生物类群的分布等。