| 所属中心 | 研究组 | 组长 | 中心主任 |
| 城市大气复合污染与控制研究中心 | 大气环境化学与污染控制技术研究组 | 陈进生 | 主任：单文坡 副主任：徐威、钟鹭斌 |
| 污染防治材料与技术研究组 | 郑煜铭 | ||
| 大气有害物质研究组 | 肖航 | ||
| 环境功能材料与空气污染物控制研究组 | 贾宏鹏 | ||
| 大气污染控制研究组 | 贺泓 | ||
| 大气污染控制材料研究组 | 单文坡 | ||
| 地表大气过程与气候环境效应研究组 | 徐威 | ||
| 城市水环境复合污染与控制研究中心 | 城市水环境过程与生态风险研究组 | 颜昌宙 | 主任：赵峰 副主任：杨军、叶志隆、楼耀尹 |
| 污水处理与资源化技术研究组 | 陈少华 | ||
| 水生态健康研究组 | 杨军 | ||
| 饮用水安全工程研究组 | 李曦 | ||
| 环境电化学研究组 | 赵峰 | ||
| 水处理过程分析和优化研究组 | 赵全保 | ||
| 废水处理与养分回收组 | 叶志隆 | ||
| 水污染过程与控制研究组 | 张召基 | ||
| 新污染物分析与环境行为研究组 | 孙倩 | ||
| 城市固废资源化与场地污染防治研究中心 | 清洁能源技术与炭材料研究组 | 汪印 | 主任：汪印 副主任：余广炜、张又弛 |
| 土壤和地下水环境治理研究组 | 蔡超 | ||
| 城市矿产绿色开发研究组 | 余广炜 | ||
| 城市土壤生物地球化学过程与健康研究中心 | 城市土壤与生物地球化学研究组 | 朱永官 | 主任：苏建强 副主任：孙新、朱冬 |
| 城市湿地生态与环境研究组 | 俞慎 | ||
| 物理环境研究组 | 肖勇 | ||
| 城市微生物研究组 | 苏建强 | ||
| 流域水环境研究组 | 徐耀阳 | ||
| 新兴污染物健康效应研究组 | 黄乾生 | ||
| 环境健康研究组 | 黄清育 | ||
| 城市土壤生态研究组 | 孙新 | ||
| 环境微生物分析监测研究组 | 崔丽 | ||
| 区域土壤环境质量与安全研究组 | 李刚 | ||
| 生物多样性与城市健康研究组 | 陈青林 | ||
| 区域土壤环境与生物污染研究组 | 朱冬 | ||
| 城市韧性与安全研究中心 | 可持续城镇化与智慧城市研究组 | 吝涛 | 主任：郑华 副主任：唐立娜、高兵、汪鹏 |
| 城市生态过程与调控研究组 | 崔胜辉 | ||
| 数字城市与景感营造研究组 | 王豪伟 | ||
| 城市森林研究组 | 任引 | ||
| 城市生态格局、过程与规划研究组 | 唐立娜 | ||
| 城市生态与可持续发展研究组 | 石龙宇 | ||
| 物质循环与城市代谢研究组 | 陈伟强 | ||
| 城市资源综合管理研究组 | 林剑艺 | ||
| 城市安全智慧管控研究组 | 叶红 | ||
| 城市生态系统韧性研究组 | 郑拴宁 | ||
| 城市生态过程与服务研究组 | 郑华 |
