科技合作处是研究所科研管理、国际合作、成果转移转化、知识产权管理、保密工作、质量管理体系和军工项目的主管部门，并承担学术委员会（含其他学术机构）、战略规划委员会、保密委员会、科技伦理道德委员会的日常事务。其主要职责是：  

1.负责研究所科技发展中长期规划与年度计划的编制与组织实施；负责国家、院、省等各类纵向科技计划项目的全过程管理，以及对口科技人才项目科研经费的统一管理；

2.制定所地合作发展规划并组织实施，加强研究所与地方、企业的联系和交流，对接地方政府或企业需求，建立对外合作友好关系，不断拓展合作区域和领域，广泛开展科教合作、产学研合作，服务地方经济社会发展；

3.负责横向委托合作项目全过程管理； 

4.负责知识产权战略、规划与制度的制定，统筹知识产权的申请、维护、转化、应用、奖项申报及法律事务处理；

5.负责制定科技成果转移转化规划与政策实施，组织、促进及协调科技成果转移转化和规模产业化及相关项目的管理工作，负责成果转化收益分配方案的制定，协调中国科学院系统科技成果在闽转移转化；

6.负责对外投资的管理工作，包括方案制定、可行性研究、报批核准、资产评估等相关工作；

7.负责监督管理研究所资产管理公司（厦门中科环境科技有限公司）的运营，实现资产保值增值；

8.负责科技创新平台的规划、建设与管理；

9.负责科技成果和科技奖申报的管理和服务，承担科技档案建档、科技成果纠纷协调等工作；

10.负责仪器设备与科研耗材采购合同、对外委托合同的审批；

11.负责科技外事（来访、出国考察、学术交流）的审批、报批等管理工作；

12.负责学会、协会的组织管理，组织或协助组织学术会议， 负责科普宣传工作；负责科技期刊管理；

13.负责改善专项购置类项目的规划及实施管理；负责科研设备与大额耗材和技术服务的采购、验收和归档等工作；

14.负责科研安全管理工作，配合后勤保障处定期进行研究所实验室安全检查； 

15.组织落实保密委员会的工作部署，内设保密办公室落实保密委员会的工作部署和保密管理体系的建立、实施、保持、持续改进；负责质量管理体系的建立、实施、保持工作，军工项目和其他工程类项目的管理，负责国防创新科研条件的规划、资源争取及建设的全过程管理； 

16.负责学术委员会、战略规划委员会、科技伦理道德委员会等日常工作； 

17.完成领导交办的其他工作。